《意见》指出，建立相关补偿机制要同时坚持以投入换机制，大力推进基层医疗卫生机构综合改革，引导基层医疗卫生机构主动转变运行机制，提高服务质量和效率，发挥好承担基本公共卫生服务和诊疗常见病、多发病的功能。
《意见》提出，实施基本药物制度后，政府举办的乡镇卫生院、城市社区卫生服务机构的人员支出和业务支出等运行成本通过服务收费和政府补助补偿。基本医疗服务主要通过医疗保障付费和个人付费补偿；基本公共卫生服务通过政府建立的城乡基本公共卫生服务经费保障机制补偿；经常性收支差额由政府按照“核定任务、核定收支、绩效考核补助”的办法补助。
《意见》要求各地按照核定的编制人员数和服务工作量，参照当地事业单位工作人员平均工资水平核定工资总额。为落实政府对基层医疗卫生机构的专项补助经费，政府举办的基层医疗卫生机构基本建设和设备购置等发展建设支出，由政府根据基层医疗卫生机构发展建设规划足额安排。
《意见》明确，2010年，各级政府按照不低于人均15元的标准落实基本公共卫生服务经费；2011年起，进一步提高人均经费标准，建立稳定的基本公共卫生服务经费保障机制。
此外，基层医疗卫生机构承担的突发公共卫生事件处置任务由政府按照服务成本核定补助。基层医疗卫生机构人员经费（包括离退休人员经费）、人员培训和人员招聘所需支出，由财政部门根据政府卫生投入政策、相关人才培养规划和人员招聘规划合理安排补助。
《意见》就调整基层医疗卫生机构收费项目、收费标准和医保支付政策等作了详细规定，明确了基层医疗卫生机构的功能定位。
《意见》还要求完善基层医疗卫生机构人事分配制度、充分发挥医保对基层医疗卫生机构综合改革的促进作用，建立基层医疗卫生机构考核和激励机制，要求实施基本药物制度后保障基层医务人员合理收入水平不降低，多渠道加大对乡村医生的补助力度。
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