《指导意见》指出，公立医院改革的基本原则是要坚持公平和效率的统一、政府主导和发挥市场机制相结合、坚持公立医院的主导地位，同时鼓励多元化办医、推动不同所有制和经营性质医院协调发展。
目前各省、自治区、直辖市已经分别选择1-2个城市作为公立医院改革试点城市，国家在各地试点城市范围内选出16个有代表性的城市，作为国家联系指导的公立医院改革试点城市，从今年开始推进公立医院改革试点工作。
各级政府举办公立医院的职责进一步明确，中央和省级人民政府负责举办承担疑难、危重病症诊治，医学科研和教学综合功能的国家级或省级医学中心，县级人民政府主要举办县级公立医院，其他公立医院均由社区的市级人民政府举办。
改革“以药补医”机制，对公立医院由此而减少的合理收入，采取增设药事服务费、调整部分技术服务收费标准等措施，通过医疗保障基金支付和增加政府投入等途径予以补偿，药事服务费纳入基本医疗保障报销范围。
规范各级公立医院配备国家基本药物的比例，逐步实行同级医疗机构检查结果互认、降低医疗服务成本，公立医院采取特需服务的比例不超过全部医疗服务的10%。
基本原则
《指导意见》提出，试点要坚持公平与效率统一，政府主导与发挥市场机制相结合；坚持公立医院的主导地位，鼓励多元化办医；坚持发展、改革和管理相结合；坚持总体设计，有序推进，重点突破，系统总结；坚持中央确定改革方向和原则，立足中国国情，鼓励地方解放思想，因地制宜，大胆探索创新。
公立医院改革试点要坚持医院的公益性质，把维护人民健康权益放在第一位，实行政事分开、管办分开、医药分开、营利性和非营利性分开，推进体制机制创新，调动医务人员积极性，提高公立医院运行效率。要按照“适度规模、优化结构、合理布局、提高质量、持续发展”的要求，坚持中西医并重方针，统筹配置城乡之间和区域之间医疗资源，促进公立医院健康发展，满足人民群众基本医疗服务需求，切实缓解群众看病贵、看病难问题。
目标任务
《指导意见》明确，试点的总体目标是形成公立医院改革的总体思路和主要政策措施，为全面推动公立医院改革奠定基础。要构建公益目标明确、布局合理、规模适当、结构优化、层次分明、功能完善、富有效率的公立医院服务体系，探索建立与基层医疗卫生服务体系的分工协作机制，加快形成多元化办医格局，形成比较科学规范的公立医院管理体制、补偿机制、运行机制和监管机制，加强公立医院内部管理，促使公立医院切实履行公共服务职能，为群众提供安全、有效、方便、价廉的医疗卫生服务。
步骤内容
根据安排，公立医院改革试点工作将从今年开始推进，按照先行试点、逐步推开的原则，各省、自治区、直辖市分别选择1-2个城市(城区)作为公立医院改革试点城市；国家在各地试点城市范围内，选出16个有代表性的城市，作为国家联系指导的公立医院改革试点城市，积极稳妥推进公立医院改革试点工作。
《指导意见》明确提出九项主要内容：
一、完善公立医院服务体系，加强公立医院规划和调控，优化公立医院结构布局，建立公立医院之间、公立医院与城乡基层医疗卫生机构的分工协作机制；
二、改革公立医院管理体制，明确各级政府举办公立医院的职责，积极探索管办分开的有效形式，逐步实现公立医院统一管理，建立协调、统一、高效的公立医院管理体制；
三、改革公立医院法人治理机制，明确政府办医主体，科学界定所有者和管理者责权，探索建立以理事会等为核心的多种形式的公立医院法人治理结构，制定公立医院院长任职资格、选拔任用等方面的管理制度，探索建立医院院长激励约束机制；
四、改革公立医院内部运行机制，完善医院内部决策执行机制和财务会计管理制度，深化公立医院人事制度改革，完善分配激励机制；
五、改革公立医院补偿机制，合理调整医药价格，逐步取消药品加成政策，加大政府投入，实现由服务收费和政府补助两个渠道补偿，完善医疗保障支付制度；
六、加强公立医院管理，确保医疗安全，提高医疗服务质量，改善医院服务；
七、改革公立医院监管机制，加强公立医院医疗服务安全质量监管和经济运行监管，充分发挥社会各方面对公立医院的监督作用；
八、建立住院医师规范化培训制度，开展住院医师规范化培训；
九、加快推进多元化办医格局，鼓励、支持和引导社会资本发展医疗卫生事业，鼓励社会力量举办非营利性医院。
《指导意见》最后强调，公立医院改革试点任务重、难度大，各地要充分认识公立医院改革的重要性、复杂性和艰巨性，切实加强对公立医院改革试点的领导。试点工作由国务院深化医药卫生体制改革领导小组统一领导，试点城市人民政府和所在地省级人民政府负责实施，卫生部组织推动试点工作，其他有关部门积极支持配合。试点城市人民政府要制订试点实施方案和配套政策措施，突出重点方面和关键环节，深入探索，大胆尝试，力求有所突破，取得实效。要加强对试点工作的指导、评估和监督，及时总结试点情况，完善有关政策措施，推进试点工作积极稳妥地开展。
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